A defesa detalhou uma longa lista de falhas na cadeia de provas, desde negligência na apreensão dos sapatos por Shai Peleg (colocá-los na estrada, tirar uma foto com o celular pessoal, não trocar as luvas, "jogá-los" no carro quando estavam expostos, não selar a embalagem), passando por transporte inadequado em um veículo policial, até guardá-los em um cômodo acessível por muitas pessoas. Tudo isso criava um enorme potencial de contaminação e transferência secundária do perfil genético do réu (que teve contato com investigadores e objetos) ou do falecido (por meio de investigadores presentes na cena) para os sapatos.
A Dra. Bublil, a especialista que examinou as peças e realizou uma opinião, confirmou que não poderia saber pelo que as peças passaram antes de chegarem ao laboratório, e que um cenário de apertar mãos ou tocar superfícies contaminadas poderia levar à transmissão de perfilamento genético.
Um terceiro aspecto está relacionado a problemas metodológicos e interpretativos na análise de perfis genéticos.
Quanto aos sapatos, dizem que estamos lidando com um perfil misto e não com um único perfil. Na amostra do sapato em que o perfil do réu estava localizado (B-22), três alelos foram observados em dois marcadores de perfil (D16S539, D3S1358), evidência assim de uma mistura de perfis. O Dr. Plutzky explicou que três alelos no local não podem ser encontrados em um único perfil, então provavelmente é uma mistura de duas pessoas. A defesa também contestou a determinação da Dra. Bublil quanto à altura da "gagueira" ("gagueira") em certos alelos e alegou que sua determinação era inconsistente com os dados do fabricante e dos dados do laboratório forense. Foi argumentado que o perfil produzido a partir da amostra 22-B correspondia ao perfil do réu em 12 dos 23 marcadores (52%) e não em correspondência completa. As tabelas de perfil indicam um perfil parcial.
Foi alegado que o perfil do réu nem sequer foi verificado. O perfil não foi verificado pelo produtor do perfil no laboratório forense da Sede Nacional, e o Dr. Bublil baseou-se apenas em informações do banco de dados, sem verificá-las. Ela também observou que não conseguiu saber se houve um erro na produção do perfil no banco de dados.